海洋学院现有两个省级重点建设学科——海洋生物学和生物工程，两个校级重点建设学科——水产品加工和水产养殖。现已形成了“重要海洋生物种质资源的保护和利用”、“海洋生物活性物质研究和利用”、“水产品精深加工技术研究和质量安全”、“海洋生态与环境”等5个相对稳定的研究方向，每个方向上都有学术水平较高的带头人为核心的结构合理的科研团队。经过几年的努力，海洋学院在海水增养殖技术、海洋生物病害防治、海洋微生物酶类、海洋鱼贝类加工及保鲜、海洋活性物质研究等方面取得了许多高水平的研究成果。近3年发表论文500余篇，出版学术专著和教材30多部，申请和获发明专利60多项，科技成果转让多项，直接经济效益数千万元。目前承担各级各类项目100多项，其中主持和承担国家级项目17项（主持国家自然基金7项，国家十二五科技支撑项目2项、国家“863”计划项目1项、主持国家海洋公益项目1项、国家重点实验室项目2项），承担省级项目30多项，科研经费1000余万元。